Ninja Gaiden II tem um novo sistema de combate que permite a Ryu desmembrar seus inimigos, cortar os seus membros e rasgar os seus corpos cobrindo a sua arma e tudo ao redor com sangue. Em comparação com Ninja Gaiden , a sequela contém violência gráfica. O desmembramento pode atenuar ou abrandar um inimigo, dependendo se um braço ou uma perna é cortada, mas não necessariamente matá-lo. Na verdade, um inimigo ferido estará propenso a usar tácticas suicidas, como a pinagem Ryu baixo e plantar umas shurikens incendiárias sobre ele, forçando o jogador a rapidamente acabar com seus oponentes, usando novas técnicas brutais Obliterar antes inimigos feridos pode chegar a mão superior. Essa nova mecânica também pode ser desencadeada na presença de vilões . Em comparação com os títulos de acção e aventura, o jogador pode ser tão vulnerável a ataques como os inimigos podem lutar durante os encontros.
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