O jogo começa como um herói sem nome, o último membro do clã Kusagari, arrastado pelo deserto, amarrado à parte traseira de uma mota. Ele consegue libertar-se, mas Payne, o líder dos Chacais - uma gangue de bandidos vasta de assassinos e ladrões - rouba a katana do herói. Durante a execução do Jackals, o Herói resgata o seu velho mestre com espada Jian, que foi para em breve ser executado, pelos chacais. Após o resgate, Jian permite ao herói emprestar a sua espada até que o herói pode recuperar a sua própria a partir de Payne. O herói encontra-se com Tamiko, um membro da divisão de pesquisa do seu clã, assim como xerife Caldera e o pai Tamiko, Judd. Eles fornecem informações para o herói para ajudá-lo a encontrar Payne, enquanto sabota as operações dos chacais "na Cidade Alta, bem como uma reunião de luta empresário clube operacional chamado Songan. O herói, eventualmente, localiza e derrota Payne no esconderijo dos chacais ", Rojo House, recuperando a katana durante a batalha. Ele interroga Payne e, antes de matá-lo, atira-o fora de uma borda, descobre que todo o seu clã foi aniquilados por um homem chamado Shinjiro. O herói viaja para a Cidade Baixa, encontrando outro clã rival chamado Katakara. Ele encontra Shinjiro no Templo Kusagari e a luta entre os dois espadachins começa. Depois de uma batalha feroz, o herói rompe a katana de Shinjiro e empurra-o para a borda do teto do Templo. No entanto, antes que o herói possa atacar o seu adversário, um ninja misterioso salva Shinjiro. Jian, então, diz ao herói que as katanas de Kusagari, chamada Sora Katana, têm o poder de imprevisibilidade alto, e que o método para fazer estas katanas é apenas conhecida por eles, e Shinjiro, que treinou com o Kusagari. Seguindo uma dica de Judd, o herói descobre que Shinjiro tenta escapar da cidade num comboio e consegue embarcar antes de sair. Depois o herói luta para abrir caminho ao longo do comboio, que está cheio de ninjas e Katakara, ele encontra Shinjiro em cima da carroagem da frente, no entanto, a "tentativa de fuga" é revelada a ser uma armadilha. Rodeado por explosivos, Shinjiro, em seguida, lança uma granada para destruír a carroagem. O herói sobrevive, mas é forçado a caminhar pelo deserto por três dias antes de encontrar uma cidade deserta. Enquanto explora a cidade, no entanto, o herói descobre Songan, que explica que a cidade fantasma é um depósito de munição Chacal. O herói vai embora, os chacais sobrevivem a um ataque por uma força Katakara, liderados pelo tenente Calhoun. Depois de restabelecer as comunicações com Tamiko, Judd, e Jian, o herói descobre que o trio tem seguido Shinjiro para a comunidade mineira isolados de Canyon Cascavel. O herói, aliado a Songan usa uma locomotiva velha no depósito da cidade de comboios abandonada viajando para lá. Enquanto explora o Canyon, o herói é atacado pelo líder dos Katakara, Okaji. Seguir o plano Tamiko, o herói usa explosivos roubados da pedreira de mineração para destruir o portão protegendo o esconderijo Shinjiro, o Ninho do Tigre. No entanto, Songan então trai o herói e seus aliados, Tamiko, Judd, e Jian, são capturados. Shinjiro demanda a katana do herói em troca dos seus amigos. Como o herói está prestes a dar-lhe a katana, os dois envolvem-se num duelo de armas, onde Tamiko é baleado. O herói persegue e confronta Shinjiro que agora criou uma nova katana. Depois de uma batalha feroz, Shinjiro é derrotado. Como ele está enfraquecido, Shinjiro diz ao herói que outros clãs viram lutar com ele para conseguirem a sua katana.