Além da jogabilidade presente nos demais jogos da série, onde o jogador usa as habilidades acrobáticas do Prince para saltar em plataformas, escapar de armadilhas e também o poder de retroceder alguns segundos no tempo, nesse jogo novos elementos foram adicionados. No decorrer do jogo, o Prince recebe o poder de Solidificar a Água, permitindo o congelamento da água transformando-a dependendo do contexto em paredes, colunas, vigas ou barras. A medida que o jogo evolui, o jogador deverá usar a habilidade de solidificação para alcançar objetivos mais complexos, como congelar e descongelar a água na hora correta ao dar um salto.
Ao derrotar inimigos ou quebrar vasos ou estátuas no caminho, o Prince pode adquirir três esferas: a vermelha, a azul e a dourada. As esferas vermelhas tem o poder de aumentar a energia; as azuis possuem o poder de encher um tanque de magia; as douradas servem para serem recolhidas e utilizadas quando uma atualização for disponível. Ao atualizar o poder, o jogador pode aumentar a barra de energia ou as barras de magia (tempo de solidificação e tempo de retrocesso) e também pode adicionar poderes especiais ao Prince, cada um simbolizando um elemento: terra, ar, fogo e água. Ao utilizar a magia especial, o jogador gasta um tanque de magia.
Para os jogadores que possuem conta na Uplay, é possível adicionar alguns extras: o Modo Desafio, a qual o jogador enfrente inimigos em uma arena e também pode mudar a aparência do Prince para a de Ezio Auditore, de Assassin's Creed II
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