A história é contada através de diferentes animações, feitas em diferentes estilos: Anime, South Park, histórias em quadrinhos, fantoches, etc.

Neo Cortex, com o auxílio de seu antigo parceiro Nitrus Brio, cria um assistente digital chamado "NV" (que em inglês se parece com a palavra "envy", inveja em português), capaz de controlar as mentes de todos. Crash, o único habitante de Wumpa Island que não foi afetado pelo NV, deve salvar Coco e Crunch e impedir que Cortex continue com seus planos de controlar o mundo com o NV.

O jogo mostra em seu video inicial nina e cortex fugindo do doominador que caiu em Wumpa Island, logo após a fuga Cortex literalmente chuta nina na escola do mal, na continuidade do filme mostra Cortex e Nitros Brios (devolta a ativa) testando o NV em um inofencivo coelho que se transforma em um monstro que cômicamente esmaga Nitros Brio; Em outra parte do video aparece N. Cortex construindo milhares de NVs.

O jogo realmente começa após o segundo filme que mostra Coco pedindo a Crash para lhe trazer espécies de ferramentas que estão espalhadas pela ilha, neste mesmo video vemos Coco realmente em chamas.