As "formas de vida" (apresentadas em Sonic Adventure) raptaram os Chaos. Eggman Nega, disfarçado de Eggman, planeja pegar os Chaos e dá-los como alimento a uma besta chamada “Ifrit”, que precisa deles para se tornar mais forte; ao mesmo tempo, necessita das Chaos Emeralds para abrir um portal, que liberará Ifrit. O enredo é dividido por duplas, de certa forma semelhante a Sonic Adventure 2, porém cada personagem tem o seu próprio roteiro:

Sonic e Tails: Após saberem do que aconteceu aos Chaos, Sonic e Tails forma uma dupla, para procurar e resgatá-los de Eggman.

Knuckles e Rouge: Knuckles parte à procura da Master Emerald que desapareceu novamente. Rouge foi contratada doi Nega para procurar pelas Chaos Emeralds, formando assim uma dupla com Knuckles.

Silver e Espio: Silver regressa do futuro, e descobre um passado destruído por um demônio chamado Ifrit. Ele precisa levar alguns Chaos para salvar o futuro e assim é ajudado por Espio que está na procura dos Chaos desaparecidos.

Shadow e Metal Sonic: O verdadeiro Eggman, manda Metal Sonic a procura de Shadow, para contar-lhe sobre os planos de Eggman Nega tem para roubar os Chaos e as Esmeraldas do Caos. Logo, os dois formam um time para procurar as esmeraldas antes de Nega.